Médico, Ornitólogo y Botánico.

Estudió Medicina en la Universidad de Alcalá y ejerció en Toledo y Sevilla. Luego ejerció en el hospital del monasterio de Guadalupe, volvió a Toledo hacia el año 1565 y pronto fue transferido como médico de la corte.

Fue elegido por Felipe II de España para dirigir una expedición científica a América.

En enero de 1570, el rey le nombra protomédico general de nuestras Indias, islas y tierra firme del mar Océano.

En agosto de 1571, partió junto con su hijo, y desembarcó en febrero de 1572 en Veracruz. Durante tres años recorrió América Central.

Desde marzo de 1574 y hasta su vuelta a España en 1577, vivió en México donde formó una colección, estudió las prácticas medicinales locales y realizó estudios arqueológicos

Hernández murió antes de ver su obra publicada. Dado su coste, Felipe II encargó a un editor napolitano, Nardi Antonio Recchi, la publicación de una versión abreviada. Los originales se conservaron en la Biblioteca de El Escorial pero desaparecieron, seguramente destruidos durante el incendio de 1671.

Describió 230 especies de aves pero la falta de ilustraciones, que se perdieron, hace su identificación muy difícil. Hernández citó de forma sistemática los nombres en náhuatl a partir de los cuales es posible clasificar las aves.