Nació por una decisión de educadores chilenos, argentinos, colombianos, brasileños, mexicanos y de otros países que habían propuesto desde 1955, en Tehuacán, México y luego en Viña del Mar, Chile, con motivo de los Seminarios sobre la Enseñanza de la Medicina Preventiva que había convocado la OPS, la creación de una Asociación Latinoamericana de Educación Médica.
Esta propuesta fue respaldada por el Dr. Ward Darle, Director Ejecutivo de la AAMC quienes luego, reunidos con representantes de la Asociación Canadiense de Facultades de Medicina en Montreal en 1961, designaron una comisión compuesta por los Drs. Hernán Alessandri y Amador Neghme de Chile, Gabriel Velázquez Palau de Colombia, John Cooper de EUA, José M Torre de México, Juan Antonio Orfila de Argentina y José Kouri de El Salvador para redactar unos estatutos provisionales, para cuyo fin se reunieron en Colombia.
En la Tercera Conferencia de Facultades de Medicina Latinoamericanas, se introdujo por unanimidad en la agenda, la creación de una Federación Panamericana de Educación Médica – FEPAFEM y la aprobación de sus estatutos, en Viña del Mar, Chile, el 29 de noviembre de 1962 con representantes de diez y ocho países de América.
De acuerdo a los estatutos originales el gobierno de FEPAFEM estaría bajo la responsabilidad de un Comité Administrativo y las actividades rutinarias en una Dirección Ejecutiva.
El primer Comité Administrativo estuvo constituido: Presidente: Dr. Amador Neghme de Chile, Vicepresidente: Dr. Gabriel Velázquez Palau de Colombia, Tesorero: John Cooper de Estados Unidos de América, Vocal por Suramérica: Dr. Juan Antonio Orfila de Argentina, Vocal por México, Centroamérica y El Caribe: Dr. José M Torre de México y Vocal por Norteamérica: Dr. Jean Jacques Lussier de Canadá.
El primer Director Ejecutivo fue el Dr. Ernani Braga de Brasil.
El Acta Constitutiva del 29 de noviembre de 1962 en Viña del Mar firmada por todos los presentes, se legalizó en el Registro Civil de Personas Jurídicas del Estado de Guanabara, y publicado en su Diario Oficial el 29 de octubre de 1963.
FEPAFEM fue reconocida en sus estructuras y funciones por la OPS, UNESCO, Convenio Hipólito Unanue, Organización Iberoamericana de Seguridad Social y distintas agencias internacionales fundacionales que hicieron aportes para la conformación de la Federación y sus programas.
